Berangkat dari sikap ketulusannya melaksanakan perintah guru besarnya, Al-Maghfurulahu Bapak Maulanasysyaikh TGKH. Muhammad Zainuddin Abdul Madjid hadir pada saat kebebasan bangsanya diinjak-injak kaum penjajah. Cengkeraman yang tak berprikemanusiaan selama kurun waktu yang sangat panjang berakibat suramnya wajah kehidupan anak-anak bangsa dan tak terelakkan dari wajah negeri ini.
Adalah sebuah keniscayaan jika pada akhirnya Al-Maghfurulahu Bapak Maulasysyaikh memilih pendidikan sebagai alat perjuangan untuk merubah potret kesuraman bangsanya tidak terkecuali pendidikan untuk anak-anak putri.
Dengan kekuatan cita-cita dan motivasi idealitas yang dimilikinya akhirnya Al-Maghfurulahu Bapak Maulanasysyaikh memproklamirkan revolusi pendidikan yang kedua dengan mendirikan sebuah lembaga pendidikan yang dikhususkan bagi anak-anak putri yang diberi nama Madrasah Nahdlatul Banat Diniyah Islamiyah ( NBDI ) pada tanggal, 15 Rabi’ul Akhir 1362 Hijriah yang bertepatan dengan tanggal, 21 April 1943 Miladiyah.
Pada awal berdirinya Madrasah Nahdlatul Banat Diniyah Islamiyah ( NBDI ) menyelenggarakan pendidikan dengan masa pembelajarannya selama 4 tahun, kemudian mengalami perubahan menjadi Madrasah Mu’allimat dengan masa pembelajarannya selama 6 tahun.
Searah dengan perjalanan waktu dan relevansinya dengan peradaban serta sinkronisasi Sistem Pendidikan Nasional, maka pada tahun 1981 Madrasah NBDI dikualifikasi menjadi 2 (dua) yaitu Madrasah Tsanawiyah Mu’allimat Nahdlatul Wathan (tingkat SMP) dan Madrasah Aliyah Mu’allimat Nahdlatul Wathan Pancor (tingkat SMA) yang bernaung dibawah Yayasan Pendidikan Hamzanwadi Pondok Pesantren Darunnahdlatain Nahdlatul Wathan ( YPH PPD NW ) Pancor.
Sebagai salah satu dari lembaga pendidikan, maka sejak dikualifikasi Madrasah Mu’allimat semakin berbenah diri dalam upaya pengembangan sistem pendidikan sesuai dengan perkembangan dunia pendidikan terutama dalam hal penggunaan kurikulum pembelajaran baik dari pemerintah maupun pondok pesantren sebagai pengelola dan penyelenggara pendidikan.
Dalam penyelenggaraan pendidikan Madrasah Tsanawiyah Mu’allimat NW Pancor telah banyak memberikan kontribusinya baik kepada pemerintah maupun masyarakat, sehingga layak memperoleh status sebagai salah satu lembaga pendidikan formal yang diakui oleh pemerintah. Hal ini dibuktikan dengan diberikannya madrasah ini untuk mengelola pendidikan dengan beberapa tahapan / persyaratan yang harus ditempuh oleh sebuah lembaga pendidikan.
Adapun penghargaan yang telah diberikan oleh pemerintah terhadap madrasah ini meliputi status perkembangan lembaga pendidikan yaitu :
Dalam penyelenggaraan dan pengelolaan lembaga pendidikan ini dari sejak berdirinya telah beberapa kali mengalami perubahan pimpinan yang disesuaikan dengan kondisi dan perkembangan lembaga pendidikan. Adapun pimpinan yang pernah menjabat / melaksanakan tugas di lembaga pendidikan ini antara lain :
1. TGKH. Muhammad Zainuddin Abdul Madjid (tahun 1943)
2. Ummi Hjh. Baiq Zuhriyah Mukhtar
3. Hjh. Siti Rauhun Zainuddin, S.Ag (tahun 1981 s.d. 2002)
4. Hamdan, S.Pd (tahun 2003 s.d. 2005)
5. Baiq Rohmayani, S.Ag. M.Pd (tahun 2005 s.d. sekarang)
Pada saat sekarang ini Madrasah Tsanawiyah Mu’allimat NW Pancor terus berbenah diri dalam upaya peningkatan mutu pendidikan sehingga mampu mensejajarkan diri lembaga pendidikan berkualitas lainnya sesuai dengan visi dan misinya yaitu : ” TEGAK TEGUH DALAM IMAN DAN TAQWA, UNGGUL DALAM MUTU, YAKIN, IKHLAS DAN ISTIQOMAH DALAM AMAL “.